1、缴费标准不同
社保因为有五险，缴费比新农合高很多。新农合一年缴费在两百元左右，社保最低缴费也要一千以上，而且工资越高，交的金额就越高。
2、报销比例不同
社保中的医保，主要用于看病报销，包括住院医疗费用报销生育补助以及普通门诊等统筹医疗费用的报销。
而新农合用于的地区不同报销比例也是不同的。如果在乡镇医院治疗的话，新农合的报销比例较高；如果在市级医院以上的医院的话，社保的报销比例较高。
两者都是随着医院级别的升高而报销比例降低。例如：社保的医保报销比例一般为70%—85%，新农合约为50%—70%。（以上内容，仅供参考，具体内容以当地政策为准）
3、使用范围
社保中的医保，可以用于挂号、看病就医、药店买药、住院治疗报销等。新农合目前在多个城市只有住院才能报销，少部分城市看病就诊也可以报销。
4、参保范围不同
社保只要有正式的工作或在城镇都可以参加社保。而新农合，只有农村户口才可以办。
5、参保年限不同
社保每月一缴，断缴后次月起医疗无法报销。参保累计满15年，退休后可每月领取养老金。一般来说参保男性满25年，女性满20年，退休后仍然可以享受医疗报销待遇。
灵活就业人员缴纳的医疗保险和新农保的医疗保险肯定是有区别的，因为灵活就业人员缴纳的医疗保险是按月交费，按年结算的，而且灵活就业人员的医疗保险是有交费年限的，而新农合的医保是没有交费年限的，而且是按年缴费的，这样交费的金额也不一样，所以退休了以后报销比例也不一样，活就业的医疗保险，如果交够年限了以后，也就是说男的25年，女的20年，只有交够年限了以后，那么就可以终身享受医保报销的比例了。但是新农保就不行，就要一直交下去，因为没有交费年限，你只有交费了以后才可以享受报销。
答:灵活就业人员医保和新农合的区别主要是针对对象不同。
新农合作医疗保险针对的保险对象是农民。
新农合是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。
灵活就业人员它主要针对的是未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员，以及其他就业人员和个体工商户等。
灵活就业人员医疗保险和农村合作医疗的区别是：灵活就业人员缴纳医疗保险费率高，平时门诊和万一生病住院时所报销的比例更高。
新农村合作医疗的缴费低，平时门诊和万一生病住院治疗时所报销的比例比职工医疗保险和居民医疗保险低。
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