合作医疗实际上就是我们的新农村合作医疗保险，那么这个所谓的医保一般指的是职工医疗保险，那么新，农村合作医疗保险也被称之为是居民医保，当然居民医保和职工医保二者之间还是有很大的一个区别和差距的。
首先二者之间的缴费水平是有所不同的，居民医保的缴费水平仅仅每年只需要两到三百块钱，就可以完成全年的医保交费了。但是如果说你参加的不是居民养老保险，而是属于职工医疗保险，那么即便是自己按着灵活就业的身份来缴纳低档次的交费，那么基本上每年的交费也是需要达到3000多块钱到4000块钱左右，这样的一个参保水平。
所以说他们二者之间的缴费水平是有所不同的，再加上这个职工医保是可以办理医保退休待遇的，但是我们的居民医疗保险是不能够办理医保退休的，所以说我们参加职工医保就不能参加居民医保，参加居民医保也就不能参加职工医保，因为二者之间也是能够享受到一份医保的报销待遇，而且他们的报销比例也是有所不同的，居民医疗保险只能够报销50%，那么职工医疗保险可以报销70%。
一、所覆盖的对象不同
新型农村合作医疗只有农民才可以参加，而且是必须以家庭为单位整户参加，**实施这个政策，目的是解决农民“因病致贫、因病返贫”，缓解农民的经济压力，保障农民基本卫生服务。
而城镇职工基本医疗保险是用人单位和个人缴费建立的医疗保险基金，是**为了补偿劳动者因疾病风险遭受经济损失而建立一项社会保险制度。而且规定了乡镇企业以及职工、城镇个体经济组织业主及其从业人员也要纳入基本医疗保险范围内。
二、缴费方式不同
新型农村合作医疗是农民自愿参加，农民个人每年缴费标准不能采取个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的方式筹集资金。目前，农村合作医低于10元，当然根据地区经济条件来划分标准，条件好的地区，缴费标准可能会高一些。疗保险缴费标准有每年100元、200元、300元、400元、500元，各个地方根据自身的情况来设置缴费的档次，当然是多缴多得了。
城镇职工基本医疗保险费是用人单位和职工共同缴纳的。用人单位缴费率应该控制在职工工资总额的6%左右，职工缴费率一般为本人工资收入的2%。
三、待遇不同
新型农村合作医疗费用补助，在不同级别的医疗机构补助费用也是不同的，县内**医院100元，二级医院200元，县外医院500元，补助的比例也是不一样的，县内**医院60%，二级医院50%，县外医院40%。
而城镇职工基本医疗保险是参保人除了享受个人账户费用门诊包干，还可以享受住院医疗，大病的补助以及特殊病种医疗费用的包干待遇，听起来优惠好多，与农村合作医疗采用不同的是，城镇职工医疗保险实行的是统账结合的方式。
1、概念不同：合作医疗，全称新型农村合作医疗保险，是在群众自愿互助的基础上，依靠集体经济，在防病治病上实行互济互助的一种福利性质的医疗制度。医保指社会医疗保险。是**和社会根据法律法规，在劳动者患病时基本医疗需求的社会保险制度；
2、缴纳费用不同：农村医保缴纳的费用一年几百元，而社保缴纳费用一年几千甚至上万，相比之下农村医保的费用低很多；
3、包含项目不同：农村医保只包含了医保，但是社保除了包含医保还包括养老、失业、工伤和生育保险；
4、缴费方式不同：农村医保是由参保人负担**费用，而社保是由职工和公司一起承担费用的。
医保卡不等同于合作医疗卡。因为现在的医保卡就是社保卡，它有102项功能，其中曰常用的可以当金融卡(退休金发放在此卡中)和医保卡使用，就医看病等等有多种用途，而合作医疗卡，只能当医保卡使用，只能看病买药住院，有局限性。
新农合是基本医保，但是和居民医保有区别：
1、新农村合作医疗是农村户口的买，居民医疗保险是非农业户口的买。
2、新农合主要是让农民在乡镇卫生院报销多，起付线低，在城里的医院报得相对少些;居民医疗保险起付线比新农合稍高，在大医院报销比例稍高一点，交钱也交得多一些。
3、新农合可报销的医药目录比城镇医保少，新农合在乡镇医院报销比例高，在市级医院平均报销比例比城镇医保低百分之一二十，**封顶也比城镇医保少。
医疗保险与农村的合作医疗是不一样的。职工医保和农村医保虽然都可以报销，但是二者之间只能够使用一个。相比农村合作医疗，职工医保有三大优势，职工医保报销比例，报销额度更高
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