1、纯债基金预期收益比较低：纯债基金主要投资的是一篮子债券，基金收益就由投资的债券决定，而债券的收益比较低，这就导致了纯债基金预期收益比较低。
2、纯债基金有一定的风险：纯债基金主要投资的是一篮子债券，基金风险由投资的债券决定，而债券具有信用风险、利率风险和流动性风险，所以导致纯债基金有一定的投资风险。
3、纯债基金品种比较少：当前市场上混合型基金、股票型基金、指数型基金比较多，而纯债基金的种类比较少。
4、纯债基金会损失时间成本：若投资者用相同的资金投资其他基金，比如混合型基金、股票型基金、指数型基金等，可能会获得更高的收益。
5、纯债基金手续费比较高：债券基金手续费包括申购费、赎回费和运作费（基金运作费每日在基金资产中计提，每月进行支付，不单独向投资者收取）。基金申购费根据成交金额而不同，成交金额越大，收费标准越低，基金赎回费根据持有时间而不同，持有时间越长手续费越低，甚至为0。
