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AFP被称为甲胎蛋白，是肝癌的肿瘤标志物。如果该指标持续大于400单位，不包括妊娠活动和肝炎，则有必要考虑是否存在肝癌，或者是否连续三个月大于200单位。还有必要预防肝癌的发生。600例肝癌患者的甲胎蛋白含量增加，睾丸癌、卵巢癌、恶性畸胎瘤、胰腺癌、胃癌、肠癌和肺癌患者的甲胎蛋白含量也增加。一般来说，良性肝病中甲胎蛋白含量的增加是短暂的，持续2-3周。而恶性肿瘤继续上升。
唐氏筛查时AFP指的是甲胎蛋白，是在怀孕中期时抽孕妇的静脉血进行胎儿21-三体综合征，也就是唐氏综合症的风险筛查。同时检查的数据还有游离人绒毛膜促性腺激素和游离雌三醇的值。唐氏筛查的报告一般三有两种结果，一种是低风险，一种是高风险，还有一种是临界异常。
AFP是肝癌的肿瘤标志物，CEA是消化道肿瘤和肺癌的肿瘤标志物。如果是明显升高，或者是逐渐升高，提示发生肿瘤的可能。如果只是轻微升高，也见于吸烟、妊娠期和心血管疾病、糖尿病、非特异性结肠炎等疾病。
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