实务中，针对股改涉税事项存在两种理解：
1、有限公司整体变更为股份有限公司，税务局一般会将股改视为“分配 投资”的过程，据此，有限公司存续期间形成的留存收益，无论是转入股本还是转入资本公积，因分配在先，投资在后，因此需对全部的留存收益缴纳个人所得税；
2、整体变更的过程，仅对有限公司存续期间形成的留存收益转入股本的部分，视为“分配 投资”，需要计算缴纳个人所得税。留存收益转入资本公积不需缴纳个人所得税。
本次研究得出的结论为后者，即仅对有限公司存续期间形成的留存收益转入股本的部分缴纳个人所得税。以下将从相关政策法规研究、案例分析两个角度进行论证。
1、法规分析
有限公司整体变更为股份有限公司，自然人股东个人所得税事项适用的主要法规为关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知（财税[2015]41号）。
财税[2015]41号文第一条规定：个人以非货币性资产投资，属于个人转让非货币性资产和投资同时发生。对个人转让非货币性资产的所得，应按照“财产转让所得”项目，依法计算缴纳个人所得税。
第三条规定：个人应在发生上述应税行为的次月15日内向主管税务机关申报纳税。纳税人一次性缴税有困难的，可合理确定分期缴纳计划并报主管税务机关备案后，自发生上述应税行为之日起不超过5个公历年度内（含）分期缴纳个人所得税。
第五条规定：本通知所称非货币性资产，是指现金、银行存款等货币性资产以外的资产，包括股权、不动产、技术发明成果以及其他形式的非货币性资产。
本通知所称非货币性资产投资，包括以非货币性资产出资设立新的企业，以及以非货币性资产出资参与企业增资扩股、定向增发股票、股权置换、重组改制等投资行为。
第六条规定：本通知规定的分期缴税政策自2015年4月1日起施行。对2015年4月1日之前发生的个人非货币性资产投资，尚未进行税收处理且自发生上述应税行为之日起期限未超过5年的，可在剩余的期限内分期缴纳其应纳税款。
